biophys

「生物物理学」サポートサイト

鳥谷部祥一著「生物物理学」（日本評論社 物理学アドバンストシリーズ）

第2刷での修正 (2023/6/28)

本書に関連するPython用ソースコードを提供しています．Jupyter Notebook形式ファイルとなっています． 実行環境をお持ちでない方は，”Open in Colab”ボタンをクリックすると，Google Colabからファイルを開くことができ，実行することもできます． ただし，修正を保存したい場合は，一度，Colabのメニューからファイルをご自身のフォルダーに保存してください．

ファイル	概要	対応する章
K_kinetics.ipynb	K1 ミカエリス-メンテンモデル K2 アロステリック効果	第3章
D_dynamicalsystem.ipynb	D1 固定点 D2 ファンデルポール型振動子 D3 チューリングパターン D4 SIRモデル	第4章
F_fluctuation.ipynb	F1 マルコフジャンプ F2 ギレスピーアルゴリズム F3 中心極限定理 F4 ランダムウォーク F5 拡散方程式 F6 移流拡散方程式 F7 自己相関関数 F8 ランジュバン方程式	第5章，第6章
S_structure.ipynb	S1 エントロピー弾性 S2 枯渇力	第7章
M_motor.ipynb	M1 分子ポンプ M2 パワーストロークと拡散整流 M3 フラッシングラチェット M4 滞在時間分布	第9章，第10章
C_cell.ipynb	C1 相分離 C2 ビチェックモデル	第13章，第14章

ソースコードは，理解しやすさや修正のしやすさを優先して作っており，高速化や美しさは追及していません．プログラムをいじって遊ぶことで現象の理解の助けになると期待しています．